Fiscal y Verifactu
Facturas de la cooperativa y liquidaciones: cómo se contabilizan
Qué papel es cada uno de los que te manda la cooperativa —anticipo, liquidación, recibo, notas de cargo— y cómo se anota cada uno sin duplicar ni netear.
Forma parte de Verifactu en agricultura: qué cambia y qué no
ACTUALIZADO · 23 OCT 2026 · LECTURA: 6 MIN
- Los dos flujos que hay que separar
- Anticipo y liquidación final: por qué la campaña se cobra a plazos
- Si estás en REAGP: el documento lo emite la cooperativa
- Si estás en régimen general: la factura la emites tú
- Los suministros y servicios: son gasto, no descuento
- La regla del bruto, con un ejemplo sin cifras inventadas
- La retención de IRPF: cuándo aparece y cuándo no
- Aportaciones, retornos y sección de crédito: lo que no es ingreso de campaña
- Por qué el precio que te paga la cooperativa tiene una regla propia
- Verifactu y factura electrónica B2B: dos relojes distintos
- Cuadrar la liquidación con el cuaderno: kilos, parcela y campaña
- Seis errores que se repiten cada campaña
- Preguntas frecuentes
- Qué hacer con esto
En una línea: de la cooperativa te llegan dos flujos opuestos —lo que te paga por tu cosecha y lo que te cobra por suministros y servicios— y el error que se repite cada campaña es tratarlos como uno solo, anotando solo el neto que aparece en el banco. Cada documento va por separado, en su fecha y por su importe bruto: si no, ni el IVA cuadra, ni el coste de la parcela es real, ni sabes qué te pagó de verdad la campaña.
Este artículo describe el marco estatal. Los estatutos de tu cooperativa, sus normas de régimen interno y la ley autonómica de cooperativas que le aplique pueden concretar plazos, porcentajes de anticipo o retenciones internas. Lo que aquí se explica es qué es cada documento y cómo se anota; los importes y los calendarios concretos están en tus estatutos y en tu liquidación.
1. Los dos flujos que hay que separar
Tu relación con la cooperativa tiene dos direcciones, y contablemente no se tocan:
Flujo de venta (ella te paga). Entregas tu producto —aceituna, uva, cereal, leche, fruta—, la cooperativa lo comercializa o lo transforma y te liquida un precio. Ese precio suele llegar en dos o tres pagos a lo largo del año.
Flujo de compra (tú le pagas). Le compras abonos, fitosanitarios, semilla, gasóleo, plásticos. Le contratas servicios: molturación, secado, limpieza, transporte, asesoramiento técnico, gestión de la PAC. Y pagas cuotas sociales o derramas.
La cooperativa, por comodidad de tesorería, casi siempre compensa los dos flujos y te ingresa el saldo. Eso está bien como forma de pago y está mal como forma de contabilizarlo. Si tu única anotación es el ingreso del banco:
- Tu volumen de ventas queda infravalorado. Con efectos en el IRPF, en los módulos, en la solicitud de ayudas y en cualquier cálculo de rentabilidad.
- El gasto en insumos desaparece. Y con él, la posibilidad de imputar coste a la parcela.
- El IVA no cuadra, porque las cuotas soportadas y las compensaciones no coinciden con nada.
La separación no es una sofisticación contable: es la condición para que todo lo demás funcione.
2. Anticipo y liquidación final: por qué la campaña se cobra a plazos
Cuando entregas a una cooperativa no vendes a un precio cerrado: entregas para que ella comercialice. El precio definitivo no se conoce hasta que se ha vendido la producción, así que el pago se fracciona:
El anticipo a cuenta. Un importe por kilo, litro o unidad que la cooperativa paga poco después de la entrega, para que el socio tenga tesorería. Es un pago a cuenta del precio final, no el precio.
Las liquidaciones intermedias. Muchas cooperativas hacen uno o dos pagos parciales más a lo largo de la campaña, según van vendiendo.
La liquidación final. Cierra la campaña: fija el precio definitivo por unidad, multiplica por lo que entregaste y resta lo ya cobrado. Es el documento que hay que guardar y el que hay que cuadrar.
Dos consecuencias prácticas:
La primera, sobre el ejercicio fiscal. Es muy frecuente entregar en una campaña y cobrar la liquidación final en el ejercicio siguiente. El criterio de imputación temporal que apliques —de caja o de devengo— tiene que ser el mismo todos los años, y hay que saber cuál usas antes de cerrar. Lo repasamos en la lista para cuadrar el cierre del ejercicio agrario.
La segunda, sobre el análisis. Hasta que no llega la liquidación final no sabes lo que te pagó la campaña. Si comparas costes con el anticipo, te sale un margen falso y siempre a la baja.
3. Si estás en REAGP: el documento lo emite la cooperativa
El Régimen Especial de la Agricultura, Ganadería y Pesca (REAGP) invierte quién documenta la venta.
El agricultor acogido a este régimen no repercute IVA en sus ventas agrarias ni puede deducirse el que soporta en sus compras. A cambio, el artículo 130 de la Ley 37/1992, del Impuesto sobre el Valor Añadido —consultable en su texto consolidado en el BOE— le reconoce el derecho a percibir una compensación a tanto alzado por esas cuotas que no recupera.
El apartado Cinco de ese mismo artículo fija los porcentajes: 12 % en las entregas de productos naturales obtenidos en explotaciones agrícolas o forestales y en los servicios accesorios de esas explotaciones, y 10,5 % en las obtenidas en explotaciones ganaderas o pesqueras y sus servicios accesorios. El porcentaje aplicable es el vigente en el momento en que nace el derecho a percibir la compensación.
¿Y quién paga esa compensación? El artículo 131.2.º de la misma ley lo dice: el adquirente de los bienes. Es decir, la cooperativa. Por eso el documento no lo emites tú.
El artículo 16.1 del Reglamento de obligaciones de facturación, aprobado por el Real Decreto 1619/2012 —texto consolidado— obliga a quien reintegra la compensación a expedir un recibo por esas operaciones, y enumera lo que tiene que llevar:
| Requisito del art. 16.1 ROF | Qué significa en la práctica |
|---|---|
| a) Serie y número, correlativos dentro de la serie | La cooperativa lleva una serie propia para estos documentos |
| b) Datos de ambas partes, con mención al REAGP | Tu nombre, NIF y domicilio, y que estás acogido al régimen |
| c) Descripción, lugar y fecha real de la operación | Producto entregado y cuándo se entregó de verdad |
| d) Precio, determinado según el art. 130.Cinco LIVA | La base sobre la que se calcula la compensación |
| e) Porcentaje de compensación aplicado | 12 % o 10,5 % según el producto |
| f) Importe de la compensación | Base × porcentaje |
| g) Firma del titular de la explotación | Tu conformidad: sin ella el documento está incompleto |
El mismo artículo obliga a la cooperativa a entregarte una copia. Esa copia es tu justificante de ingreso: guárdala como guardarías una factura emitida. El detalle de series, numeración y rectificaciones está en cómo se emite y se numera el recibo de compensación del REAGP.
Dos matices que conviene tener claros:
- La compensación no es IVA repercutido tuyo. Es un importe que tú cobras y que la cooperativa se deduce. Ese es el mecanismo entero del régimen.
- El REAGP no cubre todo. Si además alquilas maquinaria, haces trabajos para terceros o vendes directamente al consumidor final, esas operaciones van por su cuenta y ahí sí facturas tú.
4. Si estás en régimen general: la factura la emites tú
Si has renunciado al REAGP o estás excluido de él, la relación se invierte: tú emites factura a la cooperativa por tus entregas, con su IVA repercutido, y te deduces el IVA soportado de tus compras a través del modelo 303.
Cambia todo lo operativo:
- Necesitas un sistema de facturación en regla, con numeración correlativa y libros registro.
- Presentas autoliquidaciones periódicas de IVA: cómo funciona el modelo 303 para el agricultor en régimen general.
- El IVA de tus compras a la cooperativa —abonos, fitosanitarios, gasóleo— es deducible, no coste.
- Entras en el ámbito de Veri*Factu como emisor, con el calendario del apartado 10.
Si estás pensando en el cambio, la decisión no depende solo del porcentaje de compensación: depende de cuánto IVA soportas de verdad. La comparación está en cuándo compensa renunciar al REAGP.
Un apunte que suele pillar por sorpresa: el cambio de régimen —tanto la entrada como la salida— tiene sus propias obligaciones de inventario y de rectificación de deducciones, reguladas en el artículo 134 bis de la Ley 37/1992. No es un trámite que se resuelva marcando una casilla en el censo.
5. Los suministros y servicios: son gasto, no descuento
Todo lo que la cooperativa te vende o te presta es una compra tuya, con su factura, su base y su IVA. La lista habitual:
| Concepto | Naturaleza | Dónde imputarlo |
|---|---|---|
| Fertilizantes, fitosanitarios, semilla | Insumo | A la parcela donde se aplicó |
| Gasóleo agrícola | Insumo | A la labor o repartido por horas de máquina |
| Molturación, secado, limpieza, frío | Servicio de transformación | A la campaña de esa parcela |
| Portes y transporte | Servicio | A la entrega correspondiente |
| Asesoramiento técnico, gestión PAC | Servicio | Estructura de la explotación |
| Cuota social periódica, derramas | Relación societaria | Estructura, o capital según el caso |
La factura de insumos no es solo un justificante de gasto: para los fitosanitarios y los fertilizantes es también el documento que sostiene la trazabilidad de lo que después anotas en el cuaderno de explotación. Cómo encaja lo uno con lo otro está en la factura como gasto deducible y como prueba de trazabilidad.
El error clásico: tratar los suministros como «descuentos de la liquidación». No lo son. Son compras con factura, con derecho a deducción del IVA si estás en régimen general, y con imputación de coste a una parcela concreta si quieres saber lo que produce cada recinto. Convertirlos en un descuento los borra de las dos contabilidades a la vez.
6. La regla del bruto, con un ejemplo sin cifras inventadas
Llamemos V al importe de tus entregas de la campaña, C a la compensación del REAGP que te corresponda sobre ese importe, S a lo que la cooperativa te ha facturado en suministros y servicios (IVA incluido) y A a lo que ya cobraste como anticipo.
La transferencia que ves en el banco al cerrar la campaña suele ser:
Ingreso bancario = (V + C) − S − ALo que hay que anotar, en cambio, son cuatro apuntes distintos:
| Apunte | Importe | Documento que lo soporta |
|---|---|---|
| Venta de la producción | V | Recibo de compensación o tu factura |
| Compensación REAGP cobrada | C | El mismo recibo |
| Compras a la cooperativa | S | Facturas de suministros y notas de servicios |
| Cobros a cuenta ya recibidos | A | Justificantes de anticipo |
Si anotas solo el ingreso bancario, has perdido V, C y S de golpe. Y con ellos: el volumen real de ventas, la compensación efectivamente percibida y todo el gasto imputable a parcelas.
Comprueba siempre esta identidad al recibir la liquidación final. Si no cuadra, hay un documento que no te ha llegado o un concepto que no habías visto. Las dos cosas se resuelven llamando a la cooperativa el mismo día, no en junio.
7. La retención de IRPF: cuándo aparece y cuándo no
Cuando el agricultor determina su rendimiento en estimación objetiva (los llamados módulos), el pagador practica una retención a cuenta del IRPF sobre los ingresos de la actividad agrícola o ganadera.
Los porcentajes están en el artículo 95.4 del Reglamento del IRPF, aprobado por el Real Decreto 439/2007 —texto consolidado—:
- 1 % en actividades ganaderas de engorde de porcino y avicultura.
- 2 % en los restantes casos.
Y hay un detalle que se olvida y que cambia el importe: esos porcentajes se aplican sobre los ingresos íntegros satisfechos, con excepción de las subvenciones corrientes y de capital y de las indemnizaciones. Si en tu liquidación aparece una ayuda o una indemnización, no forma parte de la base de retención.
El mismo artículo aclara qué se entiende por actividad agrícola o ganadera a estos efectos: aquella en la que los productos se obtienen directamente de las explotaciones y no se someten a transformación, elaboración o manufactura, entendiendo por tal toda actividad para cuyo ejercicio sea preceptiva el alta en un epígrafe industrial del IAE.
Qué hacer con la retención: aparece como menos importe cobrado, pero no es un gasto. Es un pago a cuenta de tu IRPF, y se resta de la cuota en la declaración anual. Anotarla como gasto es duplicar: reduces el rendimiento y encima te la deduces en cuota. El encaje completo con el modelo 131 y los módulos está en el REAGP y el módulo del 131 en estimación objetiva.
8. Aportaciones, retornos y sección de crédito: lo que no es ingreso de campaña
En la liquidación aparecen a veces conceptos que no tienen nada que ver con el precio de tu cosecha y que, mezclados con él, distorsionan cualquier análisis:
Aportaciones al capital social. Las obligatorias al ingresar y las que se detraen periódicamente de las liquidaciones. No son gasto: son una inversión en la cooperativa, un derecho que en su día se reembolsa. Ponerlas como coste de la campaña rebaja artificialmente tu margen.
Retorno cooperativo. El reparto del excedente entre los socios en función de su actividad cooperativizada. Llega después del cierre del ejercicio de la cooperativa, no con la campaña, y tiene su propio tratamiento fiscal.
Intereses de aportaciones y de la sección de crédito. Rendimientos del capital, no de la actividad agraria.
Fondos obligatorios. La Ley 20/1990, de Régimen Fiscal de las Cooperativas —texto consolidado— establece dotaciones obligatorias a fondos como el de Reserva Obligatoria y el de Educación y Promoción, con reglas propias en la base imponible de la cooperativa. Eso es contabilidad de ella, no tuya, pero explica por qué el excedente que se reparte no es el resultado bruto de la campaña.
Esa misma ley, en su artículo 16, obliga a la cooperativa a separar resultados cooperativos de resultados extracooperativos. Es la razón de fondo por la que a ti te llegan documentos distintos para cosas que en el banco viajan juntas: no es burocracia, es que fiscalmente son operaciones de naturaleza diferente.
9. Por qué el precio que te paga la cooperativa tiene una regla propia
Hay una particularidad de las cooperativas agrarias que explica bastantes conversaciones de asamblea.
La regla general del artículo 15 de la Ley 20/1990 es que las operaciones entre la cooperativa y sus socios se computan por su valor de mercado. Pero su apartado 3 establece una excepción expresa para las cooperativas agrarias, entre otras: se computa como precio de la operación aquel por el que efectivamente se hubiera realizado, siempre que no resulte inferior al coste de los servicios y suministros, incluida la parte que les corresponda de los gastos generales de la entidad. Si resultara inferior, se aplica el coste.
Y el precepto lo dice con todas las letras: en las cooperativas agrarias ese sistema se aplica tanto a los servicios y suministros que la cooperativa realiza a sus socios como a lo que los socios realizan o entregan a la cooperativa.
La lectura práctica para el socio es doble:
- El precio de tu liquidación es un precio real, no un valor teórico de mercado impuesto por la norma fiscal. Por eso puede diferir del de una lonja, y no hay nada anómalo en ello.
- Comparar tu liquidación con el precio de mercado sigue siendo útil, pero es un ejercicio de gestión, no de cumplimiento. Sirve para decidir, no para reclamar.
Aquí es donde el coste por parcela deja de ser un lujo: sin él no puedes saber si el precio que te liquidan cubre lo que te costó producir. Es la comparación que da sentido a todo el ejercicio, y en olivar tiene su propia guía: coste por hectárea en olivar.
10. Verifactu y factura electrónica B2B: dos relojes distintos
Se confunden constantemente y son obligaciones diferentes, con normas y fechas distintas.
Veri*Factu — requisitos del sistema de facturación
Regulado por el Real Decreto 1007/2023 —texto consolidado—. El Real Decreto-ley 15/2025, de 2 de diciembre —BOE de 3 de diciembre de 2025— amplió los plazos de adaptación en su artículo 3:
| Quién | Fecha |
|---|---|
| Obligados del art. 3.1.a) del RD 1007/2023 (contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades: cooperativas, SL, SA) | 1 de enero de 2027 |
| Resto de obligados (autónomos en IRPF, entre ellos el agrario que factura) | 1 de julio de 2027 |
Qué significa para el socio, en concreto:
- Si estás en REAGP puro, en tus ventas agrarias no emites factura, así que no tienes sistema de facturación en esas operaciones. Quien tiene que estar en regla es la cooperativa.
- Si facturas por algo más —maquinaria, trabajos a terceros, venta directa—, sí entras, y tu plazo es el de tu forma jurídica.
- Si eres cooperativa, entras por la primera fila de la tabla. El detalle está en qué cambia Veri*Factu para el agricultor.
Factura electrónica B2B — el formato del documento
Es la obligación de la Ley 18/2022 («Crea y Crece»), desarrollada por el Real Decreto 238/2026, de 25 de marzo —texto consolidado—, que también modifica el Reglamento de facturación. Sus plazos se escalonan por tamaño de empresa a partir de la entrada en vigor de la orden ministerial de la solución pública, con disposiciones transitorias propias para quienes facturan más de ocho millones de euros y para las personas físicas.
La cooperativa es normalmente la primera afectada, porque factura a empresas. Cómo le llega y qué cambia para el socio, en factura electrónica en la cooperativa agraria.
11. Cuadrar la liquidación con el cuaderno: kilos, parcela y campaña
Esta es la parte que casi nadie hace y la que más valor tiene.
La liquidación de la cooperativa habla de kilos totales entregados. Tu cuaderno de explotación habla de operaciones de cosecha por parcela. Si los dos números no cuadran, uno de los dos está mal, y conviene saberlo antes de que pasen seis meses.
El cotejo, en cuatro pasos:
- Suma los albaranes de entrada de la campaña. Tienen que dar los kilos de la liquidación.
- Compáralos con las cosechas anotadas en el cuaderno por recinto SIGPAC.
- Explica la diferencia, si la hay: mermas por humedad o impurezas, entregas de otra campaña, producto retirado, autoconsumo, descuentos de calidad.
- Reparte el importe liquidado entre parcelas en proporción a los kilos entregados de cada una. Ese es el ingreso por parcela, y sin él no hay margen por parcela que valga.
El punto 4 exige algo que se decide en el campo, no en el despacho: entregar identificando la parcela de origen. Si mezclas todo en un montón, esa información se pierde para siempre y ninguna herramienta la recupera después.
En almazara el cotejo tiene además rendimiento graso y nota de molturación de por medio; el detalle está en qué papeles guardar de la molturación y la liquidación. Y si los albaranes te llegan en papel, lo que ahorra tiempo de verdad no es teclearlos mejor sino no teclearlos: captura de albaranes y facturas por lectura automática.
12. Seis errores que se repiten cada campaña
1. Anotar solo el ingreso bancario. Es el error madre. Borra la venta, la compensación y el gasto de una sola vez.
2. Tratar la retención de IRPF como gasto. Es un pago a cuenta. Se resta en la cuota, no en el rendimiento.
3. Contabilizar las aportaciones al capital social como coste de la campaña. Son inversión y son recuperables.
4. Dar por buena la liquidación sin cotejar los kilos. Los albaranes están para eso. Una diferencia detectada en octubre se aclara; en junio, ya no.
5. Guardar la liquidación y tirar los albaranes. Los albaranes son el detalle: fecha, parcela, calidad, humedad. La liquidación es el resumen. Si solo guardas el resumen, no puedes reconstruir nada.
6. No pedir copia del recibo de compensación. El Reglamento obliga a la cooperativa a entregártela. Es tu justificante de ingreso y es lo que te van a pedir si hay una comprobación.
13. Preguntas frecuentes
¿Tengo que emitir yo factura a la cooperativa si estoy en REAGP? No en tus ventas agrarias ordinarias. Es la cooperativa, como adquirente, la que expide el documento que soporta la operación y te reintegra la compensación, conforme al artículo 131.2.º de la Ley 37/1992 y al artículo 16.1 del Real Decreto 1619/2012. Tú firmas y guardas la copia. Sí facturas, en cambio, por lo que quede fuera del régimen: alquiler de maquinaria, trabajos para terceros o venta directa.
¿El anticipo es un ingreso o es un cobro a cuenta? Es un cobro a cuenta del precio final. En la práctica, lo que decide cómo lo declaras es el criterio de imputación temporal que apliques, y ese criterio tiene que ser el mismo todos los años. Consúltalo con tu asesor antes de cerrar el ejercicio, no después.
La cooperativa me descuenta los abonos de la liquidación. ¿Puedo anotar solo el neto? No, si quieres que los números sirvan para algo. La compra de abono es una factura con su base y su IVA, y la venta es otra operación distinta. El neto es una forma de pago. Anotar solo el neto hace que tanto tus ventas como tus compras desaparezcan de la contabilidad.
¿Por qué el precio de mi liquidación no coincide con el de la lonja? Porque no es el mismo concepto. La lonja da una referencia de mercado en una fecha; tu liquidación es el resultado de cómo se ha comercializado la producción de toda la campaña, con sus costes de transformación y estructura descontados. Además, para las cooperativas agrarias, el artículo 15.3 de la Ley 20/1990 computa el precio efectivamente aplicado, no un valor teórico.
¿La compensación del REAGP es un ingreso más? Sí, es un importe que percibes. No es IVA repercutido tuyo —tú no repercutes IVA en el régimen— sino la compensación a tanto alzado por las cuotas que soportas y no puedes deducir. Va en tu documento y forma parte de lo que cobras.
¿Qué pasa si detecto un error en la liquidación un año después? Se rectifica, pero cuanto más tarde peor: hay plazos de rectificación de facturas, plazos de autoliquidación y una memoria colectiva que se difumina. Por eso el cotejo del apartado 11 merece la pena hacerlo el mes en que llega el documento.
¿Cuánto tiempo guardo todo esto? Como mínimo, los plazos de prescripción tributaria y los que exija la normativa sectorial que te aplique, que pueden ser más largos. En la práctica, la regla sensata es archivar la campaña completa —albaranes, anticipos, liquidación, facturas de suministros— junta y por año.
Qué hacer con esto
- Saca la carpeta de la última campaña cerrada y clasifica los papeles en las seis categorías del TL;DR. Si falta alguna categoría entera, ya tienes la primera llamada que hacer.
- Comprueba la identidad del apartado 6: venta más compensación, menos compras, menos anticipos, igual a lo ingresado. Si no cuadra, falta un documento.
- Cotejo de kilos: suma de albaranes contra kilos de la liquidación contra cosechas del cuaderno.
- Reparte el importe liquidado por parcela según los kilos entregados de cada una.
- Decide ahora cómo vas a entregar la próxima campaña para que el origen por parcela no se pierda en el montón.
Si quieres que las facturas, los recibos y las liquidaciones queden atados a la parcela y a la campaña sin volver a teclear nada, mira cómo lo resuelve Campodato en facturación agraria y qué implica el calendario de Veri*Factu para tu forma jurídica.
Artículo elaborado por Summum Marketing para Campodato. No contiene importes, porcentajes de anticipo ni precios de referencia: los únicos porcentajes citados son los que fija la norma —12 % y 10,5 % de compensación del REAGP, y 1 % y 2 % de retención— con enlace a su texto consolidado en el BOE. No sustituye al asesoramiento de tu gestoría ni a los estatutos de tu cooperativa.
Agrónomos y desarrolladores. Escribimos lo que el campo nos pregunta.